パッケージソフト･ダウンロード版†

2012年4月27日に発表された。店頭で購入できるソフト（パッケージ版）と同等の内容のソフトを、ニンテンドーeショップからダウンロード購入することができるサービス。
2012年7月28日発売の『New スーパーマリオブラザーズ 2』と『東北大学加齢医学研究所 川島隆太教授監修 ものすごく脳を鍛える5分間の鬼トレーニング』を皮切りに開始されている。料金は原則パッケージ版と同額。

●パッケージソフト･ダウンロード版購入方法

･“ダウンロードカード”を購入する
一部の任天堂製品取扱店で対象ソフトの“ダウンロードカード”を購入し、記載されているダウンロード番号を手持ちの3DSでニンテンドーeショップを起動、入力してダウンロードする。

･“ダウンロード番号”を購入する
オンラインショップで対象ソフトの“ダウンロード番号”を購入し、ニンテンドーeショップに入力してダウンロードする。
※“ダウンロード番号”は一部のオンラインショップでのみ販売。

･直接ダウンロード購入する
クレジットカード等を使ってニンテンドーeショップでソフトを直接ダウンロード購入する。この場合は、定価販売となる。

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3DSダウンロードソフト†

ニンテンドーeショップにて購入が可能なダウンロード専用ソフトウェア。
完全新作のタイトルと過去の作品を3D立体視可能にした『3Dクラシックス』シリーズの2種類がある。
ニンテンドーeショップのサービス開始と同時に、以下の4タイトルが配信され、現在も随時配信されている。
なお、『3Dクラシックス エキサイトバイク』に関しては、2011年7月31日まで期間限定で無料配信された。

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タイトル	メーカー	価格
『ミステリー P.I. ～消えたフィルム～』	ジー・モード	500円
『3Dブロック崩し』	シルバースタージャパン	500円
『3Dクラシックス ゼビウス』	任天堂	600円
『3Dクラシックス エキサイトバイク』	任天堂	600円

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バーチャルコンソール†

ニンテンドーeショップにて購入が可能なダウロードソフトウェア。なつかしいゲーム機のソフトをニンテンドー3DSでバーチャルに再現してプレイできる。現在は、ゲームボーイ、ゲームボーイカラー、ファミコン、そしてゲームギアの4種類のゲームハードで発売されていた旧作ソフトを一部配信している。

ニンテンドーeショップのサービス開始と同時に、以下の6タイトルが配信されている。

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タイトル	メーカー	価格
『ロックマンワールド』	カプコン	400円
『星のカービィ』	任天堂	400円
『ベースボール』	任天堂	300円
『ファンタズム』	ジャレコ	400円
『ダウンタウンスペシャル くにおくんの時代劇だよ全員集合！』	アークシステムワークス	400円
『スーパーマリオランド』	任天堂	400円

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追加コンテンツ†

購入したソフトに、マップやキャラクターを追加して、より長く楽しむことなどを目的としたコンテンツ。有料のものと無料のものがある。

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無料体験版†

ニンテンドー3DS用ソフトの体験版をニンテンドーeショップから無料ダウンロードし、購入前に試すことができる。ソフトごとに起動できる回数が設定されており、回数を超えると起動できなくなる。一部の体験版のプレイデータは、製品版に引き継ぐこともできる。

※遊べるタイトルはリンク先を参照