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ネタバレを多く含んでいるので、未プレイのチャプターがある指揮官（ユーザー）は注意してほしい。
目次閉じる
- チャプター00 墜落
- チャプター01 侵食
- チャプター02 認識
- チャプター03 感覚
- チャプター04 献花
- チャプター05 幻想
- チャプター06 巡礼
- チャプター07 再会
- チャプター08 葛藤
- チャプター09 秘密
- チャプター10 仲間
- チャプター11 最強
- チャプター12 故郷
- チャプター13 回帰
- チャプター14 旅
- チャプター15 幸運
- チャプター16 烙印
- チャプター17 指標
- チャプター18 英雄
- チャプター19 楽園
- チャプター20 火竜
- チャプター21 巨鯨
- チャプター22 侵略
- チャプター23 牢屋
- チャプター24 追放
- チャプター25 追跡
- チャプター26 帰還
- チャプター27 探索
- チャプター28 未知
- チャプター29 救出
- チャプター30 宝物
- チャプター31 魔獣
- チャプター32 前進
- チャプター33 激突
- チャプター34 継承
- チャプター35 接触
- チャプター36 裏切
- チャプター37 苦闘
- チャプター38 暴食
- チャプター39 因子
- チャプター40 選択
- チャプター41 誕生
- チャプター42 唯一
- チャプター43 鍵
- チャプター44 歩み
- チャプター45 代償
- チャプター46 新生
チャプター00 墜落
中央政府ニケ管理部所属の新人指揮官（主人公）は、ニケであるマリアンの的確な応急処置によって心肺停止状態からの生還を果たす。人類の敵・ラプチャーの対空火器によって乗っていた輸送機が撃墜されたのだ。爆発音を聞きつけたラプチャーが迫る中、マリアンは指揮官を守るべく奮闘する。
ランデブーポイントにたどり着くと、そこにはラピとアニスというニケの姿が。ふたりは爆発からの生存を喜びつつも、主人公が先日士官学校を卒業したばかりだということに驚くのだった。
チャプター01 侵食
作戦の目標が通信不能になった部隊の捜索であることがわかり、マリアンとラピ、アニスの3機による即席部隊を率いることになった主人公。オペレーターのシフティーの支援を受けつつ到着したポイントには、先発隊はおろか誰の姿もなかった。
ラプチャーの中でもっとも危険な“タイラント級”のブラックスミスが現れ、マリアンを捕獲。ラピとアニスは、これを打ち破ることには成功したものの、マリアンは脳まで侵食され、もはや助かる状態ではなかった。
チャプター02 認識
士官学校を卒業したての新人指揮官がたった3人のニケを率いて、タイラント級のラプチャーを倒す。前代未聞の報告を受けた中央政府司令部の副司令官・アンダーソンは、その実力を測るため主人公たちの分隊・カウンターズに発電所の調査を命じる。分隊には、ネオンというニケが加わることとなった。
不可解な任務に疑問を抱きつつも発電所に到着したカウンターズは、設備をラプチャーが操作するという奇妙な光景を目にする。この異常事態を報告すべく帰還しようとした矢先、運悪くタイラント級のグレイブディガーと遭遇してしまう。
命からがら帰還したカウンターズに言い渡されたのは、人類の砦である地下・アーク、そしてラプチャーが支配する地上、そのあいだに位置する“前哨基地”への追放。拒否権はなく、荒れ果てた前哨基地に向かう主人公たち。そこに突然、3大企業のひとつであるミシリス・インダストリーのCEO、シュエンが現れる。
チャプター03 感覚
傲岸不遜なシュエンから依頼されたのは、とあるラプチャーの捕獲。作戦には、捕獲用の特殊能力を持つ分隊、ワードレス分隊のユニとミハラが同行することとなった。
ワードレスが言うには、シュエンが欲しているのは、どの規格にも当てはまらない“トーカティブ”というコードネームのラプチャー。地上を進むにつれてラプチャーの襲撃も増え、危険性は高まっていく。しかし、シュエンの謀略によって帰還の選択肢を封じられたカウンターズは、追跡を続けるほかなかった。
チャプター04 献花
追跡を続けていた一行は、自分たちが逆におびき寄せられていたことを悟る。そして、トーカティブはみずから姿を見せ、主人公の姿を確認するなり「見つけた」と言葉を発した。
即座にミハラはトーカティブと感覚を交換し、ユニが視覚を遮断。しかし、トーカティブは自己再生機能を活かし、みずからを傷つけながら暴れまわってワードレスの呪縛を打ち破る。
即座にミハラはトーカティブと感覚を交換し、ユニが視覚を遮断。しかし、トーカティブは自己再生機能を活かし、みずからを傷つけながら暴れまわってワードレスの呪縛を打ち破る。
カウンターズが決死の覚悟で動き出そうとした矢先、謎のニケの砲撃によって穴だらけになったトーカティブは撤退。続けて、トーカティブが“巡礼者”と呼んだ謎のニケも姿を消した。思わぬ形で苦境を脱した一行は、アークに助けを求める。シュエンは、トーカティブの件は話さないように主人公に命じた。
地上に帰った一行を待っていたのは、アークの秩序を守るAI、エニックによる裁判。主人公は2日間の作戦遂行の禁止と軽い処分だったが、ラピとミハラには記憶消去が命じられることになった。
その後、マリアンの侵食はアーク内にラプチャーとの内通者がいることが原因である、と確信していたアンダーソンは、そのカギを握るであろうトーカティブの捜索を主人公に命じた。
チャプター05 幻想
地上を放浪する“ピルグリム”のひとりと目される、トーカティブを引かせた謎のニケ。その調査に乗り出したカウンターズは、目撃情報をもとに極寒の地である北部へと到着。しかし、運悪く戦闘の影響で発生した雪崩に巻き込まれてしまう。
アンリミテッドの協力により合流を果たしたカウンターズは、ピルグリムに関する資料があるという研究施設を目指す。しかし、研究施設はラプチャーに占拠され、堅牢な要塞と化していた。
チャプター06 巡礼
3大企業のひとつテトラのCEOであるマスタングから託されていた特別な通行許可証により、主人公たちは施設への進入に成功。ルドミラの案内によって、ピルグリムが出没するおおよその時期や場所を把握したカウンターズは、アンリミテッドに別れを告げた。
目標地点でカウンターズを待っていたのは、トーカティブの奇襲だった。そして、狙い通り主人公とふたりきりになったトーカティブは、奇妙な問いを投げかけ続ける。そこで何かの確信を得たトーカティブが主人公を連れ去ろうとした矢先、ふたたびスノーホワイトが助けに入る。
チャプター07 再会
逃げたモダニアたちを追う主人公とスノーホワイト。吹雪の中をわずかな休息だけで行軍し続け、ようやくモダニアとトーカティブを発見するも、モダニアの圧倒的な強さの前にはスノーホワイトでさえ手も足も出なかった。
落ちていたスノーホワイトの武器を放つ主人公。その音を聞いて駆けつけたカウンターズと窮地を脱したスノーホワイトの共闘によって、モダニアのバイザーが破壊される。あらわになった顔は、主人公には見覚えのあるものだった。
ルドミラ、アリスの助けもあってなんとか前哨基地に帰ることができたカウンターズ。そこに、スノーホワイトが現れ、助けられた礼とともにひとつの弾丸を主人公に手渡した。
チャプター08 葛藤
データセンターにいるプロトコール分隊のエクシアから情報を得たカウンターズは、受け取った弾丸を調べるために地上の研究施設へと向かう。そこで、シフティーから通信が入り、カウンターズ専属のオペレーターになったことが告げられた。
人を信用できないアニスに憤慨するネオン。しかし、これまで命を預けて戦ってきた仲間への絆が揺らぐことはなく、カウンターズは決意も新たにスキャン施設を目指すのだった。
チャプター09 秘密
研究施設で弾丸をスキャンしたところ、“アンチェインド”という成分が含まれていたことが判明する。アンチェインドとは何であるかを調べるため、中央政府のデータにハッキングを仕掛けるエクシア。しかし、すぐに駆けつけたトライアングル分隊によって、エクシアは容赦なく射殺されてしまった。
その後、今回の任務でやりとりしていたシフティーの正体は、ディープフェイクを使ったシュエンだったことが判明。急いでアークへと戻ったカウンターズは、死んだはずのエクシアと再会する。そこで、アンチェインドがニケの脳にあるNIMPHという制御装置を破壊するものだということが判明した。
さらに、ノベルの調査によって過去にヘレティックに勝利した戦いがあったことが判明。カウンターズは、アンチェインドの件も含め、円滑に調査が進められるようにイングリッドとアンダーソンに協力を依頼する。
チャプター10 仲間
イングリッドの協力によって、過去にヘレティックとの交戦があった場所に向かうことになったカウンターズとアブソルート。この共同作戦の目的は、ヘレティックの破片を入手すること。先だってのヘレティックとの戦いでは半径4kmが3ヵ月間燃え続けたため、回収は先送りになっていたのだ。
親睦を深めながら目標地点に近づいていく2分隊。その道中、アニスとネオンが動かなくなったニケを発見。それは、アブソルートといっしょにヘレティックと戦ったメティスの3人（ラプラス、マクスウェル、ドレイク）だった。
