』にて実装されているメインシナリオのあらすじを総まとめ。次回の最新ストーリー更新に向けて、内容を振り返ってみてはいかがだろうか。

ネタバレを多く含んでいるので、未プレイのチャプターがある指揮官（ユーザー）は注意してほしい。

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中央政府ニケ管理部所属の新人指揮官（主人公）は、ニケであるマリアンの的確な応急処置によって心肺停止状態からの生還を果たす。人類の敵・ラプチャーの対空火器によって乗っていた輸送機が撃墜されたのだ。爆発音を聞きつけたラプチャーが迫る中、マリアンは指揮官を守るべく奮闘する。

負傷したマリアンに包帯を巻く指揮官。ヒューマノイドのニケには効果のないはずの行為に、マリアンは優しさを感じる。

ランデブーポイントにたどり着くと、そこにはラピとアニスというニケの姿が。ふたりは爆発からの生存を喜びつつも、主人公が先日士官学校を卒業したばかりだということに驚くのだった。

作戦の目標が通信不能になった部隊の捜索であることがわかり、マリアンとラピ、アニスの3機による即席部隊を率いることになった主人公。オペレーターのシフティーの支援を受けつつ到着したポイントには、先発隊はおろか誰の姿もなかった。

輸送機が爆発した原因はマリアンだったことが発覚。マリアンはラプチャーの侵食を受け、中枢神経を支配されていた。

ラプチャーの中でもっとも危険な“タイラント級”のブラックスミスが現れ、マリアンを捕獲。ラピとアニスは、これを打ち破ることには成功したものの、マリアンは脳まで侵食され、もはや助かる状態ではなかった。

脳が破損したニケの処分は指揮官の仕事。躊躇する主人公を前に、マリアンは巻いてくれた包帯への感謝を伝え、銃口を額に導く。

士官学校を卒業したての新人指揮官がたった3人のニケを率いて、タイラント級のラプチャーを倒す。前代未聞の報告を受けた中央政府司令部の副司令官・アンダーソンは、その実力を測るため主人公たちの分隊・カウンターズに発電所の調査を命じる。分隊には、ネオンというニケが加わることとなった。

ネオンは、自身がエリシオン（ニケを製造できる3大企業のひとつ）から派遣されたスパイであることをみずから明かしてしまう。

不可解な任務に疑問を抱きつつも発電所に到着したカウンターズは、設備をラプチャーが操作するという奇妙な光景を目にする。この異常事態を報告すべく帰還しようとした矢先、運悪くタイラント級のグレイブディガーと遭遇してしまう。

ラプチャーの攻撃を受けてラピが大破。ニケは頭（脳）さえ無事なら修理が可能だ。

命からがら帰還したカウンターズに言い渡されたのは、人類の砦である地下・アーク、そしてラプチャーが支配する地上、そのあいだに位置する“前哨基地”への追放。拒否権はなく、荒れ果てた前哨基地に向かう主人公たち。そこに突然、3大企業のひとつであるミシリス・インダストリーのCEO、シュエンが現れる。

追放を言い渡したのはアンダーソン。その真意は、異質な強さを見せるカウンターズを中央政府の目から遠ざけるためだった。

シュエンは、ニケを鉄くずと呼んで顎で使う、鼻持ちならない高慢な少女。

傲岸不遜なシュエンから依頼されたのは、とあるラプチャーの捕獲。作戦には、捕獲用の特殊能力を持つ分隊、ワードレス分隊のユニとミハラが同行することとなった。

作戦はシュエンの独断によるもの。中央政府に察知されないように通信が遮断されていた。

ワードレスが言うには、シュエンが欲しているのは、どの規格にも当てはまらない“トーカティブ”というコードネームのラプチャー。地上を進むにつれてラプチャーの襲撃も増え、危険性は高まっていく。しかし、シュエンの謀略によって帰還の選択肢を封じされたカウンターズは、追跡を続けるほかなかった。

ユニは感覚を遮断、ミハラは他者と感覚を入れ替える特殊能力を持つ。能力は捕獲だけでなく、戦闘にも活かされる。

追跡を続けていた一行は、自分たちが逆におびき寄せられていたことを悟る。そして、トーカティブはみずから姿を見せ、主人公の姿を確認するなり「見つけた」と言葉を発した。 　即座にミハラはトーカティブと感覚を交換し、ユニが視覚を遮断。しかし、トーカティブは自己再生機能を活かし、みずからを傷つけながら暴れまわってワードレスの呪縛を打ち破る。

不可解な言動が続くトーカティブは、ラピをフェアリーテールモデルのレッドフードと呼んだ。

カウンターズが決死の覚悟で動き出そうとした矢先、謎のニケの砲撃によって穴だらけになったトーカティブは撤退。続けて、トーカティブが“巡礼者”と呼んだ謎のニケも姿を消した。思わぬ形で苦境を脱した一行は、アークに助けを求める。シュエンは、トーカティブの件は話さないように主人公に命じた。

救援にやってきたのは、エリシオンが誇る最強の分隊、アブソルートだった。

地上に帰った一行を待っていたのは、アークの秩序を守るAI、エニックによる裁判。主人公は2日間の作戦遂行の禁止と軽い処分だったが、ラピとミハラには記憶消去が命じられることになった。

ミハラに記憶消去が実施されるという決定が、ユニに暗い感情をもたらすことになる。

記憶消去の作業は正常に行われたが、どういうわけかラピの記憶は消えることがなかった。

その後、マリアンの侵食はアーク内にラプチャーとの内通者がいることが原因である、と確信していたアンダーソンは、そのカギを握るであろうトーカティブの捜索を主人公に命じた。

地上を放浪する“ピルグリム”のひとりと目される、トーカティブを引かせた謎のニケ。その調査に乗り出したカウンターズは、目撃情報をもとに極寒の地である北部へと到着。しかし、運悪く戦闘の影響で発生した雪崩に巻き込まれてしまう。

主人公は失われゆく意識の中で、過去の記憶とも思える幻想を見る。

アンリミテッドという分隊のルドミラとアリスの助けにより、主人公は一命を取り留める。

アンリミテッドの協力により合流を果たしたカウンターズは、ピルグリムに関する資料があるという研究施設を目指す。しかし、研究施設はラプチャーに占拠され、堅牢な要塞と化していた。

ひとつのラプチャーと化していた研究所を鎮静化させた一行は、施設の内部へと進入。

3大企業のひとつテトラのCEOであるマスタングから託されていた特別な通行許可証により、主人公たちは施設への進入に成功。ルドミラの案内によって、ピルグリムが出没するおおよその時期や場所を把握したカウンターズは、アンリミテッドに別れを告げた。

主人公たちが出会ったピルグリムのコードネームは、スノーホワイトであることが判明。

目標地点でカウンターズを待っていたのは、トーカティブの奇襲だった。そして、狙い通り主人公とふたりきりになったトーカティブは、奇妙な問いを投げかけ続ける。そこで何かの確信を得たトーカティブが主人公を連れ去ろうとした矢先、ふたたびスノーホワイトが助けに入る。

命乞いをするトーカティブの前に現れたのは、モダニアと名乗るニケだった。

逃げたモダニアたちを追う主人公とスノーホワイト。吹雪の中をわずかな休息だけで行軍し続け、ようやくモダニアとトーカティブを発見するも、モダニアの圧倒的な強さの前にはスノーホワイトでさえ手も足も出なかった。

人類の敵となったニケは“ヘレティック”と呼ばれる。そのひとりであるモダニアは、あえて苦痛を与えるようにスノーホワイトをいたぶる。

落ちていたスノーホワイトの武器を放つ主人公。その音を聞いて駆けつけたカウンターズと窮地を脱したスノーホワイトの共闘によって、モダニアのバイザーが破壊される。あらわになった顔は、主人公には見覚えのあるものだった。

主人公からマリアンと呼ばれたモダニアは暴走。爆発を起こして逃げてしまった。

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