黄金十二宮編、ポセイドン編、ハーデス編の激闘の歴史を追体験できるストーリーモードが“セイントクロニクル”だ。チャプターを選択すると、イベントやバトルを発生。これをクリアーすることで物語を進めることができる。なお、エピソードが分岐することもあるのだ。。

↑各章ごとにプロローグが用意されている。原作の興奮と感動がゲームで甦る！

　教皇の刺客である白銀聖闘士（シルバーセイント）・矢座のトレミーの凶矢の前に倒れる女神・アテナこと城戸沙織。12時間以内に教皇を倒さなければ、沙織が死んでしまう……。十二宮を突破して、教皇の間に辿り着け!!

　地上の人々を守るため、女神・アテナはみずから海皇に幽閉されて地上に降り注ぐ大雨を一身に浴びることを選んだ。死の淵から蘇った青銅聖闘士（ブロンズセイント）たちは、女神救出のために海将軍（ジェネラル）が守護する7つの柱を目指す！

　女神・アテナを守るため、冥闘士（スペクター）に攻め込まれた十二宮を訪れた青銅聖闘士（ブロンズセイント）たち。しかし、ひと足先に女神は冥界へ旅立ったあとだった……。女神に“女神の聖衣（クロス）”を届けるため、星矢たちは“エイトセンシズ”に目覚める！