一行を襲い、ミラの命を奪った精霊術を放ったのは、ミュゼだった。ジュードたちは、ミュゼから驚愕の真実を知らされる。ミラは、大精霊マクスウェルによって作られた人間であり、アルクノアをおびき出すためのオトリにすぎなかったということを。

ミラの死を受け入れられず、心を閉ざしてしまうジュード。同じく、生きる目的を見失ったアルヴィンがジュードに襲いかかるが、レイアが命を懸けてジュードを守り、彼の目を覚まさせた。自分のなすべきことを果たすため、ジュードは再び立ち上がる。

本物のマクスウェルを捜し、“世精ノ途（ウルスカーラ）”にたどり着いたジュードたち。ミラを“ただの歯車”であると切り捨てるマクスウェルに、ジュードたちは立ち向かう。

一方、ミラの魂は、記憶をなくし、精霊界をさまよっていた。記憶を失っても、使命を果たすという信念だけは失わなかったミラもまた、世精ノ途へとたどり着く。マクスウェルと戦うジュードの想いに呼応するように、呼び醒まされていくミラの記憶。そしてついに、ミラは真の精霊として、再びジュードの前に降臨した。

マクスウェルは、死を乗り越えて信念を貫き通すミラの姿を見て、みずからの誤りを悟り、断界殻（シェル）を解こうと決意する。しかし、エレンピオスとの統合を危険視するガイアスと、使命を見失った末にガイアスにすがったミュゼが現れ、マクスウェルを捕らえてしまった。そしてジュードたちは、断界殻の向こう、エレンピオスへと飛ばされてしまう……。