"ギアス"と呼ばれる謎の力を手に入れた主人公、ルルーシュは、ゼロを名乗り、黒の騎士団を結成して神聖ブリタニア帝国に戦いを挑む。幾度となく戦いをくり広げる、親友どうしのルルーシュとスザク。彼らの運命の行方は……。