A.C.195年。"オペレーション・メテオ"の発動により、地球にたどり着いた5機のガンダムと5人の少年たち。ヒイロ・ユイを始めとする5人の少年は、ガンダムに乗り込み、地球圏統一連合との戦いをくり広げていく。