超長距離移民船団"マクロス・フロンティア"を攻撃する未知の宇宙生物、バジュラ。早乙女アルトは、マクロス・フロンティアとトップアイドルのシェリルとランカを守るため、S.M.Sに所属する。そして、バジュラと戦うべく宇宙を駆ける。