再起不能に近い怪我を負っても、使命を果たすことを諦めないミラ。ジュードは、アルヴィン、エリーゼ、ローエンと別れ、医師である自身の父・ディラックのもとにミラを連れていく。ディラックの治療法は、常人には耐え難い激痛をともなうものだったが、ミラはその痛みを克服。リハビリの末、再び歩けるようになった。ジュードはそんなミラの姿を見て、ミラを支えることが自分のなすべきことだと思うようになる。

再びイル・ファンを目指すジュードとミラ。アルヴィン、エリーゼ、ローエンと合流し、ジュードの幼なじみレイアも一行に加わる。途中、アルクノアという謎の組織が、ミラたちの前に立ちはだかった。彼らと、彼らが使用する機器“黒匣（ジン）”を殲滅することこそが、ミラの真の使命だったのだ。また、ア・ジュール王ガイアスと、彼の部下“四象刃（フォーヴ）”も、一行を阻もうと暗躍する。

数々の妨害を退け、ついに王都へ戻ったミラたち。激闘の末、ナハティガル王を倒したものの、クルスニクの槍はいずこかへと持ち出されてしまっていた……。

アルクノア

黒匣（ジン）を使用する謎の組織。ミラの命を狙っている。

黒匣（ジン）

外装で封じ込めた精霊の化石のマナを用いて、強制的に精霊術を発動させる機器。この機器が使われるたびに、精霊が死んでしまう。クルスニクの槍は、この黒匣（ジン）の一種。

ア・ジュール

リーゼ・マクシア北方に位置する連邦国家。現王ガイアスが、北方の少数部族や、辺境の小国をまとめあげて建国した。ガイアスは、その手腕とカリスマ性により、国民の大多数から支持されている。

四象刃（フォーヴ）

伝説の聖獣フォーヴが備える4つの武器──翼、角、針、牙の名を持つ、ガイアスの側近。革命のウィンガル（翼）、不動のジャオ（角）、無影のアグリア（針）、百術のプレザ（牙）の4人で構成され、たった4人でラ・シュガルの特殊部隊120人を壊滅させた。