“ゴスペル”が壊滅したいま、熱斗らの前に現れる新たな敵とは……？
カプコンは、本日（2014年12月17日）、Wii Uバーチャルコンソールにて『ロックマン エグゼ3』と『ロックマン エグゼ3 BLACK』を配信開始した。価格はそれぞれ702円[税込]。
■ストーリー
世界中を震撼させたネットマフィア“ゴスペル”は、秋原町の小学生、光熱斗とロックマンの活躍により壊滅し、人々は平和な暮らしを取り戻していた。
ある日の放課後……。熱斗が公園でいつものメンバーとその夜行われるチャット会の打ち合わせをしていると、テンガロンハットをかぶった怪しげな男が声をかけてきた。
「ねぇ、キミたち、世界最強のネットバトラーを決める大会、N1グランプリの予選を秋原スクエアでやってるんだけど、参加してみない？」
「オレたちが、予選会に参加していいの！？」
熱斗、デカオ、メイル、やいと、それぞれの思惑を胸に、N1グランプリ1次予選が行われているインターネット秋原スクエアへと向う……。
※本ソフトでは通信機能を使用することができませんが、メニュー内の“つうしん”を選択することで、過去に通信機能を使用して入手できたチップが一部入手できるようになっております。
