▲世紀末ダークヒーロー最凶タッグ。ふたりはケンシロウとトキの名を失墜させるべく、ジャギがケンシロウ、アミバはトキの名を騙り、略奪を行うために街に向かう。そこに現れたのが、この一帯を縄張りにする牙一族とジードの連合部隊。獲物を巡って、ジャギ＆アミバと連合軍の戦闘が勃発する。この争いを制したふたりは、ケンシロウ、トキを名乗って街を襲撃するも、住人は牙一族とジードを倒したふたりを称えて脅すまでもなく物資を差し出す。気分よく街をあとにするジャギとアミバだった。

▲つぎの獲物を捜していたふたりは、道中でケンシロウを追っているユダ軍に遭遇する。ケンシロウを知るユダは、ジャギたちがケンシロウとトキの偽者だと看破して蔑みの笑みを浮かべる。その態度に怒り心頭に発したジャギとアミバは、隙を突いてユダ軍を襲撃し、粉砕してしまう。しかし、その場のノリで強大な敵に喧嘩を売ってしまったことに気づき、ラオウ軍に庇護を求めることにするが……。

▲ユリアは南斗最後の将で、彼女のもとには多くの拳士や民が集う。その力を欲している南斗の拳士、ユダやサウザーはユリアを手中に収めようとしていた。追っ手の報を携えてマミヤの村にやってきたのは五車星のひとり、雲のジュウザ。マミヤはユリアを村に残し、みずからがユリアの身代わりになることを決意。ジュウザの協力を得ながら、南斗最後の将として敵を引きつけつつ、ユリアのためにケンシロウを捜す旅に出る。

▲ラオウと、ケンシロウの名を騙るジャギによって壊滅状態にあった南斗の街。マミヤに扮するユリアの存在を知った民たちは彼女に救いを求め、ジャギの撃退に成功する。しかし南斗最後の将の名がユリアであることを知ったラオウは、因縁ある彼女のもとへと向かってしまう。

▲南斗白鷺拳の使い手、シュウとともに、マミヤの村に迫る拳王の軍勢を急襲するレイ。しかし相手は強大で、徐々に追い詰められてしまう。そんなときに現れたのは、南斗六聖拳のひとり、ユダ。同門の拳士の危機を見逃せないと、ユダはレイたちに加勢する。しかし……。

▲アイリの身と引き換えに、レイをみずからの配下に加えたユダ。さらにユダは南斗の拳士、聖帝サウザーに同盟を持ちかける。聖帝軍はアミバの軍を掃討するために準備を進めており、レイはユダの軍から聖帝軍に編入され、己の意思に背いて戦うことに。そして再び、不幸がレイを襲う。レイが連れてきたリンとバットがいる聖帝軍の駐屯地を、アミバの伏兵であるウイグルが襲ったのだ。サウザーは乱世を終わらせるための犠牲だとレイに告げ、見殺しにしろと命じる。レイは苦悩の表情を見せるが、アイリの件もあるためサウザーに従うことを決意。バットは何か理由があるのだと気づき、レイを攻める村人を説得する。