主人公
ネイサン“R.A.D.”スペンサー

バイオニックプロジェクトのスーパーバイザーである“スーパー・ジョー”ことジョセフ・ギブソンの下で活躍する一流の戦士。本作の主人公である。コードネームは“RAD（ラッド）”。TASC特殊部隊の隊員だったが、国家への反逆を謀った罪と4件の第1級殺人罪で起訴され、不名誉除隊となる。その後、死刑を言い渡され、いまは処刑を待つ身。だが、ジョセフ・ギブソンの提案によって、激戦の舞台に再び降り立つことに。

ジョセフ・ギブソン

帝国騒乱時の重要人物で、戦争の英雄としてその名を馳せている。別称はスーパー・ジョー。戦地で活動する隊員としてTASCに仕え、その慎重な情報収集能力をもって頭角を現し、スパイ活動および、破壊工作の分野におけるTASCのトップへと上り詰めた。また、当初よりバイオニックの技術開発に深く関わる。一時、帝国軍に囚われるも、ネイサン・スペンサーの活躍によって救出される。その後、互いに協力してアルバトロスの阻止に成功する（『バイオニック コマンドー：マスターD復活計画』より）。TASCへ復帰してから数年後、ギブソンは組織全体の長官へと上り詰める。

テロ組織
バイオレイン

“バイオニック技術禁止法によって生じた、すべての偏見を覆し、バイオニック技術を施された人々の失われた尊厳を回復する”ことを目標に掲げるバイオニック復活運動組織。バイオレインは、世界最大のバイオニック支持派テロ組織であり、莫大な資金を持つと考えられている。帝国軍の生き残りに加え、バイオニック組織を移植されたTASC所属の諜報員らによって構成されている。

バイオレイン歩兵兵

アセンション・シティを占拠した集団バイオレインの歩兵隊。アセンション・シティに大量破壊兵器“ウィザラー爆弾”を炸裂させたあと、バイオレインは集めうる限りの歩兵隊を総動員して街の警備にあたらせている。戦場の特殊な性質に対応するため、兵士たちは全員、放射線防護用のスーツとフェイスマスクを装着し、いつ攻撃を仕掛けられても対応できるだけの装備を身につけている。

ジェイン・マグダレン

バイオニック技術によって脚を強化された、第2期の“バイオニック コマンドー”。ネイサン・スペンサーから戦闘訓練を施され、ふたりで協力して遂行した任務もいくつかある。バイオニック技術禁止法の強制施行に伴い、バイオニック技術を失いたくないマグダレンは、それまでの地位とキャリアを捨て、地下へと姿をくらませる。現在は、バイオニック支持派テロ組織バイオレインに加担しているとみられる。

シルバー（本名不明）

バイオニック支持派テロ組織であるバイオレインと協力関係にあると目されているテロリスト。諜報機関では、彼がバイオレインの名の下にバイオニック支持団体を結集させるなど、バイオレインの使節のような役割を果たしていると想定している。