第6の惑星"アリスティア"の追加

『ディレクターズカット』では、新しい惑星"アリスティア"が追加された。美しい水の惑星で、新たなサイドストーリーが語られるのだ。もちろん、新規モンスターや"賞金首（倒すとハンターポイントが手に入る中ボスクラスの強敵）"も追加。さらに、この惑星でしか入手できないアイテムも存在するのだ！

ダンジョンのデザインを改良し、
モンスターや宝箱の配置も変更

前作のダンジョン構造を見直し、よりプレイしやすく作り変えている。とくに広く迷いやすかった"プリズン"や"グラディウスタワー"などのダンジョンは、階層を少し減らして規模を縮小。ダンジョン内部の背景パターンも階層ごとに違うので、見分けやすくなっている。さらに、宝箱の配置場所や中身も変更。前作をやり込んだ人も、広大な銀河を隅々まで再探索してみよう。

戦闘システムにも新要素を追加

前作では、タイミングよくボタンを押して攻撃する"チェインアタック"があった。成功すると大ダメージを与えられるが、発動タイミングは完全ランダムなのが難点。そこで、『ディレクターズカット』では新たに"バーニングストライク"という攻撃システムを追加。プレイヤーが発動タイミングを任意に決められるのだ。

インセクトロンで対戦が可能に

広大な銀河には、"インセクター"と呼ばれる虫が多数生息している。"インセクトロン"は、インセクターを捕まえて育て、戦わせるミニゲームだ。『ディレクターズカット』では、新たなインセクターの"スパイダン"と"ボムツムリ"が登場。さらに、友だちとの対戦も可能になった。対戦方法は、メモリーカードを持ち寄って対決する方法と、対戦用のパスワードを入力して戦う方法の2種類がある。なお、パスワードを入力した場合は、勝った場合のみ対戦相手が入力した秘密の合言葉（コード）が表示される。自分が勝ったという証拠をキチンと残せるというわけだ。

武器の合成のリミッターをカット

ふたつの武器を合成すると、新たな武器を作り出すことができる。前作ではある程度合成すると合成不可能な武器になったが、本作では際限なく合成できるシステムに変更された。