アカギは、ユクシー、エムリット、アグノムを捕らえて作り出した"あかいくさり"で、ディアルガまたはパルキアを呼び出すのだ。

シンオウ地方の神話で神と言い伝えられている、ディアルガとパルキア。ギンガ団のたくらみにより、"あかいくさり"で無理やり呼び出され、苦しんで暴走しようとする。主人公は、ディアルガまたはパルキアを鎮めるために、挑むことになるのだ。ボールを投げて捕まえることができれば、神と言い伝えられているポケモンを仲間にできるぞ。

ギンガ団の野望を食い止めたあと、シンジ湖、リッシ湖、エイチ湖には、いままでなかった空洞ができているぞ。そこにいるユクシー、エムリット、アグノムをうまく捕まえることができれば、神と呼ばれるこのポケモンたちを仲間にできるのだ。

エテボース

ぶんるい：おながポケモン
タイプ：ノ−マル
とくせい："テクニシャン"または"ものひろい"
たかさ：1.2メートル
おもさ：20.3キロ

エイパムがレベルアップで"ダブルアタック"を覚えた直後、または"ダブルアタック"を覚えた状態でレベルアップすると、エテボースに進化する。友情の印として尻尾をつなぎ合わせて輪っかを作り、2本の尻尾で"きのみ"のからを器用にむいて食べるぞ。

ミミロップ

ぶんるい：うさぎポケモン
タイプ：ノ−マル
とくせい："メロメロボディ"または"ぶきよう"
たかさ：1.2メートル
おもさ：33.3キロ

十分になついているミミロルがレベルアップすると、ミミロップに進化する。いつも耳先を毛づくろいして、手入れを怠らないきれい好きなポケモンなのだ。

ドータクン

ぶんるい：どうたくポケモン
タイプ：はがね・エスパー
とくせい："ふゆう"または"たいねつ"
たかさ：1.3メートル
おもさ：187.0キロ

ドーミラーがレベルアップでドータクンへと進化する。2000年以上眠っていたドータクンが工事現場から掘り出され、大ニュースになったことがあるらしい。

カバルドン

ぶんるい：じゅうりょうポケモン
タイプ：じめん
とくせい："すなおこし"
たかさ：2.0メートル
おもさ：300.0キロ

カバルドンへは、ヒポポタスがレベルアップで進化をする。直系2メートルの大口は、自転車をペシャンコにしてしまう破壊力を持っていると言われている。

ベロベルト

ぶんるい：なめまわしポケモン
タイプ：ノーマル
とくせい："マイペース"または"どんかん"
たかさ：1.7メートル
おもさ：140.0キロ

ぐんぐん伸びるベロをなんにでも巻きつけ、うかつに近寄ると唾液でベトベトにされると言われている。ベロリンガの進化後の姿のように見えるけれど、はたしてどのように進化をするのか？

ジバコイル

ぶんるい：じばポケモン
タイプ：でんき・はがね
とくせい："じりょく"または"がんじょう"
たかさ：1.2メートル
おもさ：180.0キロ

特殊な磁場の影響を受けたポケモンで、3つのユニットから磁力を出すと言われている。コイル、レアコイルとはどのような関係があるのだろうか……!?