主人公のソラは、データ上で再現された存在。“バグ”によって引き起こされたデータ世界の異変を調査するのが目的だ。トラヴァースタウンでは、シドたち住人が突如出現したバグに戸惑っている様子。

ソラの前に現れた黒コートの人物。このコートは、かつての冒険で倒したはずの“XIII機関”のものだが……？　また、敵であるハートレスも出現し、データの世界にはさらなる混乱が巻き起こる。

データ世界の異変は、つぎつぎと広がっていき、ほかのワールドにも飛び火していく。ワンダーランドでは、住人たちの記憶がなくなってしまったようだ。

ワンダーランドの住人の記憶はあちこちに散らばってしまっている。フィールドに落ちている記憶のかけらを集め、持ち主に正しい順番で返してあげよう。

各ワールドのボスが支配するエリアでは、特殊なバトルを楽しめるステージが用意されている。横スクロールアクションから、RPGのようなターン制バトルまで、いろいろな趣向が凝らされた遊びが詰まっているぞ。

ワンダーランドでは、強制的に奥へスクロールしていく3Dシューティング風のバトルも。敵を倒しつつ、バトルが優位になるアイテムを取り逃さないように注意して進もう。

上画面に表示されているソラのフェイスウインドーの左側にあるのがクロックゲージ。発動中のアビリティは、上画面のCOMMANDの上部に表示される。

発動可能なアビリティは下画面に表示されている。発動させたいアビリティを選んでタッチすれば、クロックゲージが溜まったときにその効果が発動するのだ。

アビリティの内容や数は、武器によって異なる。また、武器には成長要素があるとのこと。アビリティの"?"の部分は、武器が成長することで開放されていく。