女主人公　序盤ストーリー

女主人公…セツコ・オハラ

地球連邦軍戦技研究班『グローリー･スター』所属のパイロット。自信のなさと気の弱さから物事に対しては消極的だが、生真面目で与えられた役割は懸命に果たそうとする。

女主人公…第1話
ザ・ライトスタッフ

セツコたちグローリー･スターが新型機バルゴラのテストを行おうとした矢先に、基地に接近する敵機が確認された。襲撃してきたのは、エゥーゴという組織。そこで、基地に残された唯一の戦力であるバルゴラが、これを迎え撃つことになる！

女主人公…第2話
怒れる瞳

エゥーゴとの戦闘中、突如発生した空間のねじれにより、謎のコロニーに転移してしまったグローリー･スターの面々。状況が飲み込めないまま、戦闘に巻き込まれてしまう。

女主人公…第3話
二つの世界

グローリー･スターはザフトに投降し、捕虜として戦艦ミネルバに乗り込むことに。ミネルバ一行は強奪されたガンダムを追い、地球連合軍のファントムペインと対峙。そんな中、エゥーゴとティターンズが現れて、混戦状態に陥る。

女主人公…第4話
異星人襲来

ティターンズとの戦闘中、再び空間のねじれに飲み込まれてしまったグローリー･スター。ほぼ同時刻、ダイザーチームとベガ星連合軍も地球に飛ばされて、激しい戦いを続けていた。

女主人公…第5話
目覚めの日

ベガ星連合軍の撤退後に、謎の異星人の機体が出現。地球連合軍が迎撃に向かうが、異星人の反撃で壊滅してしまう。絶望的な状況の中、勝平のザンボエースが街を救うべく出撃。異星人の襲来に備えて、神北兵左衛門が着々と準備を進めていた。

男主人公　序盤ストーリー

男主人公…ランド・トラビス

さすらいの修理屋"ビーター･サービス"を営む。"ザ･ヒート"を自称する熱血漢で、行方不明の師匠を捜している。

男主人公…第1話
さすらいの修理屋

ランドは、とある街でガンダムを売ろうとしている少年を発見。だが、荒くれ者集団のブレーカーたちは、ウォーカーマシンという機動兵器でガンダムの強奪を企むのだ。見かねたランドは、愛機ガンレオンでブレーカーの迎撃に向かう！

男主人公…第2話
旅立ちの日

ゲインに頼まれて、"エクソダス"（温暖な地域へ脱出すること）の手伝いをすることになったランドたち。都市ユニットを丸ごとエクソダスさせるという、大がかりな作戦が開始される!!

男主人公…第3話
掟破りの助っ人達

エクソダスを開始した都市ユニット"ヤーパンの天井"にシベリア鉄道警備隊の追っ手が迫る。彼らを迎え撃つため、ランドの知り合いの"アイアン･ギアー"一行が助太刀に参上。

男主人公…第4話
それぞれの旅、それぞれの事情

ヤーパンの天井に単独で乗り込んできたヤッサバだったが、ジロンたちの協力もあって捕まえることに成功。シベリア鉄道も黙ってはおらず、雇っているブレーカーをすべてぶつけてエクソダスを食い止めにかかる。

男主人公…第5話
ムーン・ライダーズ

空間のねじれの前兆を察知したランドたち。偵察に向かった先には、雪が消え、謎の粒子が観測される荒野が広がっていた。さらに、観測中に発生した空間のねじれによって、正体不明の機体が複数出現。ランドはその場を打開するために、"ゲッコーステイト"と名乗る集団に手を貸すことに。